

In het cholerajaar 1866 werd besloten tot de bouw van een nieuw raadhuis. De gemeente had voor die tijd geen raadhuis gehad. De eerste burgemeester Pabst had op eigen kosten het huis Nieuw Rijk laten bouwen. De gemeentesecretaris Eggink had het huis in Nieuw Rijk later van hem gekocht. De burgemeester betaalde hem weer huur voor de burgemeesterskamer, de gemeente voor de raadszaal en de ruimte waar de klerken werkten. Met de bouw van het nieuwe raadhuis werd een aannemer belast op voorwaarde dat het gebouw in juli 1867 moest worden opgeleverd. De aannemer haalde deze limiet echter niet. Nadat er in de raad over gedebatteerd was, besloot Amerfoordt tot actie over te gaan. Hij verscheen met de gemeentesecretaris en twee veldwachters om de aannemer te verwijderen van het bouwterrein. Hij verbood de aannemer ooit nog een voet op het terrein te zetten. Amersfoordt maakte de fout dat hij verzuimde de aannemer onder getuige van derden te gebieden om de bouw zo snel mogelijk voltooien. De aannemer spande hierop de gemeente een proces aan. De zaak werd tot aan de Hoge Raad uitgevochten en duurde enkele jaren. De kosten van het proces en de schadevergoeding kwamen uit op f 15.000. Dit was precies het bedrag waarop de bouw van het raadhuis begroot was. Deze zaak heeft het imago van Amersfoort als burgervader nog verder geschaad.
Desondanks ging Amersfoordt door met het verbeteren van de toestand in de jonge polder. Zijn idee om kinderen onder medisch schooltoezicht te plaatsen werd bijvoorbeeld uitgevoerd. De kinderen werden maandelijks één keer onderzocht op kosten van de gemeente. Dit was zeer vooruitstrevend voor die tijd. In Amsterdam werd deze maatregel pas 40 jaar later genomen. Amersfoordt ontwierp een uitbreidingsplan voor Kruisdorp, dat nu de naam Hoofddorp kreeg. Hij bepleitte met succes de aanleg van een telegraaflijn door de polder. Voorwaarde voor de aanleg was dat alle boerderijen een naam kregen. Amerfoordt heeft een gedeelte van de boerderijen een naam gegeven.
In 1869 na de ambtsperiode van 6 jaar verzocht Amerfoordt aan de Koning hem eervol ontslag te verlenen als burgemeester. Dit was het einde van zijn burgemeesterschap. In eerste instantie was Amerfoordt van plan al zijn aandacht op zijn bedrijf Badhoeve te richten. Toch bleef hij zich bemoeien met allerlei aangelegenheden in de polder. Hij deed dit meestal door het schrijven van artikelen voor het Weekblad voor de Haarlemmermeer en brochures. Hij ontwierp bijvoorbeeld een plan om de strijd tussen de laag- en hooglanders om water op te heffen. Amersfoordt schreef in dit kader in 1869 de brochure “De Kilbemaling van den Haarlemmermeer-polder, opstel over het verbeteren van de waterstanden in Haarlemmermeer, door droogmaling van het lage, en bevloeiing van het hooge land in verband met een verbeterde eind-opmaling van het boezemwater”. In 1872 nam Amerfoordt zitting in de gemeenteraad, maar in 1874 werd hij niet herkozen. In 1877 probeerde hij opnieuw herkozen te worden. Hij slaagde hier echter niet in. De Haarlemmermeerpolder als landbouwgebied vervulde na 25 jaar een voortrekkersrol op het gebied van modernisering en mechanisatie.
In 1881 na 20 jaar lid te zijn geweest van het Hoogheemraadschap Rijnland, ontving de zilveren lauwerkrans uit handen van de dijkgraag. Amersfoordt bedankt met de woorden:
“Al achtervolgt de bevolking mij, al jouwt de jeugd mij op den weg na en gooit zij mijzelfs met steenen, het schenkt mij toch voldoening, op mijn leeftijd te bemerken, dat mijn strijd niet helemaal vergeefsch is geweest. Vele mijner denkbeelden zijn algemeen overgenomen, vele vernieuwingen, die ik in mijn bedrijf als eerste in practijk bracht hebben sinsdien overal toepassing gevonden. Dat schenkt mij op mijn levensavond weinig satisfactie, welke opweegt tegen vaak groote bitterheid, die ik gevoel wanneer men, nog steeds, mijn beste bedoelingen miskent, mijn meest oprechte gevoelens met wantrouwen, ja met haat beantwoordt”.
In 1884 tracht hij geïnteresseerden te vinden voor het vestigen van een landbouwschool op zijn Badhoeve. In datzelfde jaar trad hij af als heemraad van de Haarlemmermeerpolder en als hoofdingeland van Rijnland vanwege gezondheidsproblemen. Op 1 februari 1885 overleed deze in de Haarlemmermeerpolder omstreden pionier.